O funcionamento do departamento jurídico da Fenajufe é estabelecido da seguinte forma:  

1- Coordenação Jurídica e Parlamentar, composta pelos coordenadores da Fenajufe responsáveis pela pasta;

2- Assessoria Jurídica Nacional, composta pelo escritório de advocacia contratado pela Federação;

3- Comissão Jurídica, formada pela Coordenação Jurídica + Assessoria Jurídica Nacional + alguns Advogados eleitos sempre no último Coletivo Jurídico. O objetivo é discutir questões complexas, sem a necessidade de se convocar o Coletivo Jurídico;

4- Coletivo Jurídico da Fenajufe – encontro nacionalmente organizado reunindo advogados dos sindicatos + diretores jurídicos de todas as entidades que compõe a federação e que tem objetivo de unificar discussões de relevante interesse e ações sistematizadas. Este evento tem ocorrido, em média, duas vezes por ano e é um grande momento para troca de informações entre os sindicatos na luta diária pela defesa dos interesses dos seus filiados.

A Fenajufe ainda conta com o trabalho do assessor parlamentar Antônio Augusto Queiroz, que acompanha no Congresso Nacional a tramitação dos projetos de interesses do Judiciário Federal e do MPU, além de outras propostas de interesses dos servidores públicos federais.